中央军事指挥系统
三公与九卿：东汉沿袭西汉制度，以太尉、司徒、司空为三公，其中太尉主管军事。九卿分隶三公，与军事相关的有太常、光禄勋、卫尉等，分别负责不同的军事事务。
将军系统：东汉设有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军等，不常置。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军皆秩同公。以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。
京师兵：京师兵分为北军和南军。北军是汉军的精锐部队，长官是北军中候，其下有屯骑校尉、步兵校尉、越骑校尉、长水校尉等。南军为守卫皇宫的部队，长官为卫尉，其下有南宫卫士令、北宫卫士令、左右都侯等。此外，还有城门校尉统领守城部队，执金吾负责治安，虎贲中郎将和羽林中郎将分别统领虎贲和羽林骑，光禄勋下辖五官左右三个中郎将管理三署郎。
地方军事指挥系统
州刺史与州牧：东汉末年，州逐渐演化为郡之上的行政单位，州刺史内掌民政，外统兵马。黄巾起义后，刺史、郡守不仅有领兵权，还有征兵、募兵权，从而埋下了军阀割据的种子。后来，州牧成为州郡最高行政与军事长官。
郡守与都尉：郡置太守，为地方最高军政长官，以都尉辅佐掌管兵员征集、训练、考核校阅、维持治安、率军出征以及武器装备的制造、管理等。东汉时，裁罢都尉，其职并入太守。
县令与县尉：县令（长）兼理军、民两政，置县尉助理军事和掌管治安。
作战部队指挥系统
将军与幕府：战时，皇帝临时派遣将军指挥作战。将军下设长史、司马辅助，部队分若干部，部由部校尉和军司马率领，部下设曲，曲由军候率领，五百人一曲，曲下有屯设屯长，五十人一屯。
部曲制：东汉的军事组织单位由大到小为：军——部——曲——屯——队——什——伍。军的主管为大将军或将军；部的主管为校尉或军司马；曲的主管为军候或千人；屯的主管为屯长；队的主管为队率或队史；什的主管为什长；伍的主管为伍长。
特殊军事组织
西园八校尉：东汉末年，为镇压黄巾起义，朝廷增置“八关都尉”。中平五年（公元188年）设上军、中军、下军、典军、助军和右、中、左等八校尉，由大将军直接统率，并称“西园八校尉”。
地方驻军：东汉在地方重要地点派驻军队，如黎阳营、度辽营、象林营、虎牙营、雍营、渔阳营、扶黎营等，分别负责不同的防御任务。
东汉末年的部队指挥系统在继承西汉制度的基础上，进行了诸多调整和改革，以适应当时复杂多变的军事形势和社会环境。